多芯片联合分析2型糖尿病发病相关基因及其与阿尔茨海默病的关系
辛宁陈建康陈艳杨洁
福建医科大学省立临床医学院福建省立医院老年科福建省临床老年病研究所
摘要:目的利用生物信息学方法探索2型糖尿病发病的相关基因,并研究这些基因与阿尔茨海默病的关系。方法基因表达汇编(GEO)数据库下载GSE85192、GSE95849、GSE97760、GSE85426数据集,获得健康人和2型糖尿病患者外周血的差异基因,利用加权基因共表达网络(WGCNA)分析差异基因和临床性状的关系。使用DAVID数据库分析与2型糖尿病有关的差异基因的功能与相关通路,筛选关键蛋白。根据结果将Toll样受体4 (TLR4)作为关键基因,利用基因集富集分析(GSEA)分析GSE97760中与高表达TLR4基因相关的信号通路。通过GSE85426验证TLR4的表达量。结果富集分析显示,差异基因主要参与的生物学过程包括炎症反应、Toll样受体(TLR)信号通路、趋化因子产生的正向调节等。差异基因主要参与的信号通路有嘧啶代谢通路、TLR信号通路等。ILF2、TLR4、POLR2G、MMP9为2型糖尿病的关键基因。GSEA显示,TLR4上调可通过影响嘧啶代谢及TLR信号通路而导致2型糖尿病及阿尔茨海默病的发生。TLR4在阿尔茨海默病外周血中高表达。结论 ILF2、TLR4、POLR2G、... 更多
- 专辑:
医药卫生科技
- 专题:
内分泌腺及全身性疾病; 精神病学
- 分类号:
R587.2;R749.16
引文网络
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